Ο Γιώργος Μαρκογιαννάκης από τον Αύγουστο του 1998 διετέλεσε Υπεύθυνος Έργων του ΚΑΠΕ στο τμήμα Ανάλυσης Ενεργειακής Πολιτικής/Διεύθυνση Ενεργειακού Σχεδιασμού. Από τον Νοέμβριο του 1995 έως τον Αύγουστο του 1998 ήταν επιστημονικός συνεργάτης του τομέα Ορθολογικής Χρήσης Ενέργειας.

Από τον Νοέμβριο του 1995 έχει εργαστεί σε Εθνικά, Ευρωπαϊκά και ιδιωτικά έργα με σκοπό την εφαρμογή της Ορθολογικής Χρήσης, της Εξοικονόμησης και των Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας (μελέτες, ενεργειακές επιθεωρήσεις, ενεργειακή πολιτική και σχεδιασμός, κτλ). Έχει διατελέσει μέλος διάφορων τεχνικών επιτροπών.

Από το 1996 εργάζεται ως Ελεύθερος Επαγγελματίας Μηχανικός .